定義：在一個凝膠電泳系統中不同部位的pH、離子強度、緩沖液成分或凝膠孔隙大小不同的凝膠電泳。其目的在于提高電泳分離的范圍和分辨率。

不連續聚丙烯酰胺凝膠電泳包含了兩種以上的緩沖液成分、pH值和凝膠孔徑，而且在電泳過程中形成的電位梯度亦不均勻。由此產生的濃縮效應、電荷效應和分子篩效應。

不連續聚丙烯酰胺凝膠電泳基本原理

1．濃縮效應樣品在電泳開始時，通過濃縮膠被濃縮成高濃度的樣品薄層(一般能濃縮幾百倍)，然后再被分離。當通電后，在樣品膠和濃縮膠中，解離度最大的Cl—有效遷移率最大，被稱為快離子，解離度次之的蛋白質則尾隨其后，解離度最小的甘氨酸離子(PI=6．0)泳動速度最慢，被稱為慢離子。由于快離子的迅速移動，在其后邊形成了低離子濃度區域，即低電導區。電導與電勢梯度成反比，因而可產生較高的電勢梯度。這種高電勢梯度使蛋白質和慢離子在快離子后面加速移動。因而在高電勢梯度和低電勢梯度之間形成一個迅速移動的界面，由于樣品中蛋白質的有效遷移率恰好介于快、慢離子之間，所以，也就聚集在這個移動的界面附近，逐漸被濃縮，在到達小孔徑的分離膠時，已形成一薄層。

2．電荷效應當各種離子進入pH8．9的小孔徑分離膠后，甘氨酸離子的電泳遷移率很快超過蛋白質，高電勢梯度也隨之消失，在均一電勢梯度和pH的分離膠中，由于各種蛋白質的等電點不同，所帶電荷量不同，在電場中所受引力亦不同，經過一定時間電泳，各種蛋白質就以一定順序排列成一條條蛋白質區帶。

3．分子篩效應由于分離膠的孔徑較小，分子量大小或分子形狀不同的蛋白質通過分離膠時，所受阻滯的程度不同，因而；遷移率不同而被分離。此處分子篩效應是指樣品通過一定孔徑的凝膠時，受阻滯的程度不同，小分子走在前面，大分子走在后面，各種蛋白質按分子大小順序排列成相應的區帶。