細菌在適宜的條件下，適合生長的固體培養基表面或內部，經過一定時間的培養，分裂繁殖出巨大數量的菌體，形成一個肉眼可見，有一定形態的獨立群體，稱為菌落。


病毒，將10倍梯度稀釋的病毒樣本接種吸附于單層細胞，然后覆蓋一層含有營養液的瓊脂，經過一段時間的培養，染色，原先感染病毒的細胞及病毒擴散的周圍細胞會形成一個近似圓形的斑點，類似固體培養基上的菌落形態，稱為空斑。但是，空斑技術是純化和滴定病毒的，不用來鑒別。


細菌，不同菌的菌落在大小，色澤，質地，表面性狀，邊緣結構等方面均有各自的特征，同一種菌在不同的培養基上的菌落形態也會不盡相同，同一種菌在同一個培養基上也有可能長出不同形態的菌落。比如大腸桿菌，在麥康凱瓊脂上是紅色菌落，在伊紅美藍瓊脂上是黑色帶金屬閃光的菌落。再比如炭疽桿菌，在普通培養基中，強毒菌株是粗糙型菌落，無毒或弱毒菌株是光滑型菌落。


霉菌，是在營養基質上，形成絨毛狀，蛛網狀或絮狀菌絲體的一種真菌。


放線菌，是能形成分枝菌絲的細菌，菌落由有隔或無隔菌絲組成。比如牛放線菌，在血瓊脂上，37度厭氧培養2天，可見半透明，乳白色，不溶血的粗糙菌落。


酵母菌，大多數為單細胞的一類真菌。一般看細胞結構。補充，霉菌，酵母菌是形態群的俗稱，不是分類學名稱。